ตามประวัติวัดเสาธงทอง สันนิษฐานว่าสร้างตั้งแต่ต้นรัตนโกสินทร์ตอนต้น แต่บางข้อมูลระบุว่าน่าจะสร้างมาตั้งแต่สมัยอยุธยาตอนปลาย เนื่องจากมีหลักฐานเจดีย์เก่าสมัยอยุธยา อยู่ด้านหลังอุโบสถ
อย่างไรก็ตาม มีผู้เฒ่าผู้แก่เล่ากันต่อๆ กันมาว่า เดิมบ้านบางเลานั้นมีชาวลาวอพยพมาจากเวียงจันทร์ ลัดเลาะมาตั้งหลักแหล่งที่หมู่บ้านแห่งนี้ชาวบ้านจึงเรียกชื่อว่า “บ้านลาว” ภายหลังชาวบ้านได้อพยพเคลื่อนย้ายล่องไปทางทิศใต้ตามแม่น้ำเจ้าพระยาในเขต อ.พรหมบุรี ซึ่งสันนิษฐานว่าน่าจะไปปักหลักทำมาหากินในย่านตลาดบ้านแป้งในปัจจุบัน เมื่อเวลาล่วงเลยไปชื่อ “บ้านลาว” จึงเพี้ยนเป็น “บ้านบางเลา” ชาวบ้านจึงเรียกชื่อวัดแห่งนี้ว่า วัดบางเลา ตามชื่อหมู่บ้าน
ต่อมาในสมัยรัชกาลที่ 5 พระองค์เสด็จประพาสต้นทางชลมาร์คตามลำน้ำเจ้าพระยาผ่านจังหวัดสิงห์บุรี ประชาชนทราบข่าวต่างดีใจ ช่วยกันประดับธงทิว และตั้งโต๊ะหมู่บูชา รอรับเสด็จตลอดแนวริมลำน้ำเจ้าพระยา แต่สำหรับชาววัดบางเลาพิเศษกว่าตรงที่มีการตั้งเสาธงชาติสูงเด่นเป็นสง่า มองเห็นแต่ไกล แถมชาวบ้านยังร่วมกันปิดทองเสาธงเหลืองอร่ามงดงามมาก เมื่อขบวนเรือเสด็จผ่านมาได้ทอดพระเนตรเห็นวัด จึงตรัสให้เปลี่ยนนามวัดเสียใหม่ เพื่อให้เป็นมงคลว่า “วัดเสาธงทอง” นับแต่นั้นเป็นต้นมา..
